醫院建成于1921年，由洛克菲勒基金會創辦。建院之初，就志在“建成亞洲的醫學中心”。同時，北京協和醫院是洛克菲勒基金會在海外單項撥款數目、時間延續長的慈善援助項目 [8] [16]
2019年12月，中國醫學科學院在北京發布了《2018年度中國醫院科技量值報告》，北京協和醫院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，復旦大學醫院管理研究所正式發布了《2016年度中國醫院》和《2016年度中國醫院專科聲譽》，北京協和醫院名列 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向團體和個人提供新冠病毒核酸檢測服務醫療機構名單。 [4]
2022年10月8日，北京協和醫院緩和醫學中心成立。
為滿足大眾對連續性、綜合性醫療服務日益增強的需求，內科學系的新專業——普通內科于2004年3月在北京協和醫院率先成立。作為國內個集醫教研為一體的學術性普通內科，我科為不同患者人群提供多層次的醫療服務：
1、內科常見病、多發病患者：我們為患者提供基本醫療與專科醫療相互協調的高質量的醫療服務。
2、發熱、多系統損害等診斷不清的患者：幾年來成功診治了來自全國各地的大量疑難病、罕見病患者。在兄弟科室的支持下，我科已成為北京協和醫院公認的內科疑難病診治平臺。
3、痛風專病門診：為痛風患者進行診斷和，同時注重長期隨診和非干預。
1. 垂體疾病疑難病會診中心簡介：垂體疾病疑難病會診中心成立于2012年5月，匯聚我院6大科室，包括神經外科、內分泌科、婦科生殖與內分泌中心、放射科、放療科、核醫學科。各專科聲譽躋身全國前列，曾獲得華夏醫學科技二等獎，中華醫學科技獎三等獎等多項榮譽。
2. 會診疾病適應證：垂體部位腫瘤或病變的患者
3. 會診流程：①門診就診：通過北京協和醫院APP，預約神經外科或內分泌科、放療科門診，符合會診適應證的患者可由首診醫師在征得患者或家屬同意后，開具電子會診申請單，電子申請單生成后，患者或家屬可收到醫院發送的短信通知，請您根據短信通知辦理相關的手續。
②預約時間：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③預約地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
④繳會診費：持患者身份證可在醫院收費窗口、自助機或北京協和醫院APP上繳費。費用類別為自費，醫保不予報銷；
⑤會診時間：周三上午問診，下午會診（具體時間由會診中心安排告知）；
⑥會診地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
1.肝膽惡性腫瘤疑難病會診中心簡介：根據肝癌的不同階段，通過多學科會診，給予個體化的綜合方案，是提高療效的關鍵。我院于2017年5月成立肝膽惡性腫瘤疑難病會診中心，該中心包括肝臟外科、腫瘤內科、臨床營養科、病理科、放療科及放射科。
2. 會診疾病適應證：肝膽惡性腫瘤的患者
3. 會診流程：
①門診就診：通過北京協和醫院APP，預約肝外科或腫瘤內科、放療科門診，符合會診適應證的患者可由首診醫師在征得患者或家屬同意后，開具電子會診申請單，電子申請單生成后，患者或家屬可收到醫院發送的短信通知，請您根據短信通知辦理相關的手續。
②預約時間：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③預約地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
④繳會診費：持患者身份證可在醫院收費窗口、自助機或北京協和醫院APP上繳費。費用類別為自費，醫保不予報銷；
⑤會診時間：周四下午（具體時間由會診中心安排告知）；
⑥會診地點：北京協和醫院東單院區門診樓四層疑難病會診中心；
